بلوک اتاق عمل در بیمارستان تخصصی، فوق تخصصی سیدالشهداء یزد شامل چندین اتاق عمل است که کلیه اعمال جراحی قلب اطفال و بزرگسالان، ارتوپدی، ستون فقرات، جراحی عمومی، ارولوژی و اندوارولوژی – جراحی کلیه ، مجاری ادرار و سنگ شکنی درون پیکری – جراحی زنان، چشم، لاپاراسکوپی، ترمیم و بازسازی گرافت های دیالیز به روش اندووسکولر و اعمال عروقی  و سایر عمل های جراحی در این بخش زیر نظر پزشکان حاذق و تیم درمانی باتجربه به صورت شبانه روزی در حال انجام است.