در این بخش اقدامات تشخیصی و درمانی با استفاده از دستگاه های پیشرفته اندوسکوپی و کلونوسکوپی توسط پزشکان فوق تخصص گوارش و متخصصین داخلی به صورت سرپایی و بستری صورت می گیرد. در صورت نیاز بیمار به ERCP بیمار در اتاق عمل بیمارستان پذیرش و کار ERCP جهت وی انجام می شود. پزشکان فوق تخصص ریه و بیماری های تنفسی در این بخش با استفاده از دستگاه برونکوسکوپی پیشرفته و به روز این مرکز اقدامات تشخیصی و درمانی جهت مراجعین محترم به صورت بستری و سرپایی انجام می دهند.