کلینیک تخصصی چشم بیمارستان سیدالشهدا خدمات مختلفی را به بیماران ارائه می دهد. این کلینیک با دستگاههای پیشرفته ای برای ارزیابی حدت بینایی ونیز انحنای قرنیه، اندازه گیری فشار چشم، مشاهده و تصویربرداری از بخشهای مختلف چشم، اندازه گیری میدان دید و … به بیماران مبتلابه بیماریهای مختلف چشم سرویس می دهد. بیمارستان سیدالشهدا همچنین اولین و تنها مرکز لیزیک استان یزد است که با در اختیار داشتن دستگاه های مجهز در خدمت بیماران است.