بخش MRI بیمارستان حضرت سیدالشهدا (ع) یزد مجهز به با کیفیت ترین دستگاه ها با پیشرفته ترین متدهای روز دنیا بوده و قابلیت انجام تمامی درخواستهای MRI از جمله : ام آر آنژیو ، ام آر ونو ،FMR  فانکشنال MRI ، ام آر مامو ، ام آر اسپکت ، تمامی ام آر آی های روتین از جمله ام آر آی مفاصل ، شکم و لگن ، MRCP  ، مغز و ستون فقرات و … را دارد .